「ログファイル」は自動的に削除されても問題ないでしょうか?

「ログファイル」は、メール本体とは別に保存されるもので、基本的に必要ありません。

最初の状態では、「ログを保持しておくおおよその期間」は「2ケ月分」に設定されています。
「設定」→「アカウント毎の設定」→「上級者向け設定」にチェック→「上級者向け」の「+」→「ログ」の画面で確認できます。
ログ設定

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